忍者选择直接影响团队通关效率。根据当前版本机制，须佐鼬、秽土三代、希等忍者凭借技能特性成为主流选择。须佐鼬的一技能无敌帧可规避BOSS高伤技能，配合奥义爆发适合应对尾兽化阶段；秽土三代的高频AOE伤害能快速清理白绝群，其远程输出模式在金银角阶段可稳定削减血量；希的雷光弹与奥义组合能对单体目标造成巨额伤害，尤其适合速通排行榜玩法。这些忍者需根据团本不同阶段灵活切换，例如第一阶段优先秽土三代，最终尾兽战则切换须佐鼬。
忍界大战团本分为四个阶段，每个阶段对忍者功能需求不同。第一阶段要求快速清场，推荐使用秽土猿飞日斩、晓创生蝎等范围型忍者；第二阶段对抗忍刀七人众时，照美冥的水龙卷秘卷可打断BOSS连招；第三阶段金银角需同时击杀，黄土的土遁结界能创造输出窗口；第四阶段尾兽化金角需躲避标记攻击，须佐鼬的无敌帧和希的爆发成为关键。注意阿斯玛关卡会削弱金银角防御值，应派遣高攻速忍者快速累积削弱层数。
风遁·风沙阵能限制白绝移动，水遁·水龙卷适合打断忍刀众技能；通灵兽选择蓝蛇可补充AOE伤害，熊猫则提供团队保护。须佐鼬建议携带禁术·阴愈伤灭提升生存，秽土三代搭配木遁·扦插之术能增强控场。注意佩恩入侵团本中天道超需用霸体秘卷应对万象天引，而忍界大战团本中元素球机制要求携带雷属性秘卷快速破除护盾。
普通难度建议全员600万战力以上，修罗模式需800万战力并配置1-2名千万战力玩家担任主攻。12人团队需明确分工：高战组负责尾兽化输出，中战组处理阿斯玛削弱，低战组专注清理杂兵。每周保底机制要求至少完成两次挑战获取积分，500分必得135级究忍具。注意痛楚究忍具无法合成新忍具，须通过继承系统转移强化等级。
团本中照美冥、奇拉比、金银角等忍者被系统禁止使用，而桃地再不斩、白等副本BOSS忍者也无法选用。当前版本忍界大战究忍具中，火之意志套装提供30%奥义增伤，须佐套装增强生存能力，新推出的木叶忍者套尚未实装但预期效果更强。建议保留特效为毒伤、霸体、查克拉恢复的刀戒部位，其余属性适合分解或用于合成进阶。
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